遗迹之中
吴奇和他的数码兽们正在仔细的寻找，吴奇的天之刻印依旧在闪烁着，也就是说这座实验室里也藏着一块神赐石板，吴奇现在虽然没办法镌刻铭文，但是并不妨碍吴奇将石板带走，只要完成第二阶段的启明，吴奇就能吸收石板。
吴奇在一座石台下找到了被当做地板的神赐石板，吴奇将手心放上去，没有任何的反应。
巫师兽一挥法杖，魔法帽飞到了石板之上，魔法帽变大将石板吸入帽内，x魔法帽的功能，魔法帽中有着一个巨大的空间，可以装下很多的东西。
收服巫师兽绝对是吴奇此行最大的收获。
石板消失后，石板之下出现了一本黑色的笔记本，吴奇拿起黑色的笔记本，好吧，上面都是数码世界的文字，吴奇看不懂。
不过有人能看懂就行，巫师兽从吴奇的手中接过笔记本。
笔记是一个名叫玄灵的人写的，他是均衡教派的一位祭司，有一天他突然接受到了恒常性的信息，恒常性感受到了艾克萨兽的陨落。
龙帝艾克萨兽，至高的皇家骑士，数码世界的守护者，拥有着最强之龙和圣骑士力量的皇家骑士竟然陨落了。
恒常性想要他去查清艾克萨兽陨落的原因。
玄灵思考过后，决定先去机械帝国，因为他听说机械帝国那边似乎想要对世界树动手，那么机械大帝，野心勃勃的想要取代世界树，成为数码世界真正的主宰者。
虽然玄灵并不觉得机械帝国有能力杀死艾克萨兽，毕竟艾克萨兽的实力在皇家骑士中也是数一数二的存在，而且还有其他的皇家骑士相助，但是艾克萨兽就这样无声无息的陨落了，玄灵最有可能找到真相的地方便是机械帝国。
结果刚到机械帝国，玄灵就找到了答案，金甲龙兽和机械邪龙兽在机械帝国的恒源沙漠大战，双方打的有来有回，难解难分，金甲龙兽的实力竟然只能和机械邪龙兽五五开，这是让玄灵想不通的地方，玄灵能够确定，那只金甲龙兽就是皇家骑士中的那只金甲龙兽。
不过很快，玄灵就知道了金甲龙兽发挥不出实力的原因，在战斗过程中一颗黑色齿轮被金甲龙兽逼出了体外。
刚才的战斗中，金甲龙兽一边和体内的黑色齿轮战斗，一边和机械邪龙兽战斗，在逼出黑色齿轮后，金甲龙兽渐渐的开始占据上风。
就在这时，剑皇兽赶到了战场，原本玄灵以为这场战斗便到此为止了，机械邪龙兽是无法同时对抗两只皇家骑士的，包括金甲龙兽应该也是这么认为的。
但是剑皇兽却偷袭了金甲龙兽，金甲龙兽被剑皇兽重伤，后来剑皇兽和机械邪龙兽联手杀死了金甲龙兽，并且将他的数码蛋带回了机械帝国。
玄灵知道了艾克萨兽陨落的原因，皇家骑士中有人背叛了。
在机械邪龙兽和剑皇兽离开后，玄灵继续朝着机械帝国前进，他需要确定到底有多少皇家骑士陨落了，还有机械帝国到底要做什么，他们真的敢对世界树出手吗？
玄灵想要知道答案，但是路上玄灵在发现了一只身受重伤的数码兽，这只数码兽让他打消了前往机械帝都的想法。
这只数码兽就是皇家骑士之一的公爵兽，当玄灵见到公爵兽时，公爵兽已经奄奄一息，在他的体内有一股恐怖的力量在不断的破坏公爵兽的数码核。
公爵兽告诉玄灵，剑皇兽已经背叛了皇家骑士，除了顽固兽以外的皇家骑士全部陨落。
公爵兽说完这个信息以后便彻底的陨落，化作了一颗数码蛋。
后来玄灵便带着这颗数码蛋来到了这里，希望能够复活公爵兽，因为他发现，在公爵兽陨落之后，他竟然联系不上恒常性了，恒常性仿佛失踪了一样。
在他建立实验室不久，玄灵发现整个数码世界竟然开始崩坏，整个数码世界碎成了无数的碎片，漂浮在数码之海中，玄灵也不知道到底发生了什么。
不过他却决定离开这里，他要去寻找世界崩坏的真相，只有找到真相才能找到办法修复整个数码世界，不过他并没有带走公爵兽的数码蛋，因为这一行太过危险。
玄灵在四周的墙壁上留下金甲龙兽那场战斗的过程是希望出生后的公爵兽，看到壁画后，能够警惕剑皇兽这个叛徒。
巫师兽将笔记收好，很明显这些事情以吴奇他们现在的实力是无法触碰的，等以后有了实力再去寻找真相吧。
接下来的四天里，吴奇和巫师兽一直待在这个实验室中，因为在玄灵的笔记中记载了孵化公爵兽的方法。
这四天里吴奇和巫师兽尝试了玄灵笔记中记载的方法，结果毫无用处，公爵兽的蛋一点反应都没有。
孵化失败的吴奇将数码蛋放到了背包里，准备离开秘境。
这次的秘境之旅吴奇是收获满满，四块神赐石板，加三个天赋绝伦的数码兽，还有一颗皇家骑士的数码蛋，吴奇非常心满意足的离开了秘境。
通过秘
境通道，进入虚数世界，吴奇第一个离开秘境，虚数界的道馆中除了御兽公会的工作人员外，没有其他人的身影。